Documentation de Medit

Table des matières

• 1 Installation et mise en garde
  • 1.1 Sous Linux
  • 1.2 Sous MacOS
  • 1.3 Sous Window
  
  
• 2 Mise en route et format de fichier
  • 2.1 Format de fichier
  • 2.2 Lancer Medit
  
  
• 3 Navigation (bouger l'image)
  • 3.1 avec la souris
  • 3.2 avec le clavier
  • 3.3 mode stereo
  
  
• 4 Visualiser une solution
  • 4.1 format de fichier
  • 4.2 la visualisation
  
  
• 5 Plan de coupe
• 6 Commandes
  • 6.1 File
  • 6.2 Render mode
  • 6.3 Colors, materials
  • 6.4 Data
  • 6.5 Items
  • 6.6 Clipping
  • 6.7 Features
  • 6.8 View
  • 6.9 Animation
  
  
• 7 Sauvegarde d'images
• 8 Animation
• 9 Visualiser deux maillages simultanément
• 10 Le fichier "DEFAULT.medit"
• 11 Le mode "terrain"
• 12 Les raccourcis clavier
• 13 FAQ

1 Installation et mise en garde

1.1 Sous Linux

Téléchargez l'application à l'adresse suivante : http://www.ljll.math.upmc.fr/~frey/logiciels/medit2.html
Décompactez-le : tar zxvf medit-2.3-linux.gz
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1.2 Sous MacOS

Téléchargez l'application à l'adresse suivante : http://www.ljll.math.upmc.fr/~frey/logiciels/medit2.html

Le fichier se décompacte automatiquement (si ce n'est pas la cas, vous devez l'ouvrir dans StuffIt Expander pour le décompacter). Placez ensuite l'application Medit dans votre dossier Applications.

Si vous voulez vous servir de Medit dans un terminal, il vous suffit de créer un script qui contient les informations suivantes :
#!/bin/sh
/Applications/medit.app/Contents/MacOS/medit "$@"
Nommez-le Medit et placez-le dans un endroit vu par votre PATH. Dès lors, lorsque vous taperez la commance Medit dans un fenêtre terminal, l'application se lancera automatiquement.

Mise en garde : Medit a été créé pour une machine ayant une souris à trois boutons, donc pour avoir accès à toutes les fonctionnalités, il est recommandé d'en brancher une à votre Mac. Cependant, si vous ne disposez que d'une souris à un bouton, il est possible d'obtenir le bouton droit en tapant ctrl + clic et le bouton gauche en tapant alt+clic
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1.3 Sous Window

Téléchargez l'application à l'adresse suivante : http://www.ljll.math.upmc.fr/~frey/logiciels/medit2.html

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2 Mise en route et format de fichier

2.1 Format de fichier

2.1.1 Format de maillage

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Medit permet de visualiser des maillages au format mesh (binaire ou ASCII). Ce format est composé d'un seul fichier (xx.mesh or xx.meshb) qui contient toutes les informations nécessaires à la description du maillage. Il est organisé en une série de champs, identifiée par un mot clés. Les lignes de commentaires débutent par le caractère $\char93$ et le "blanc", le passage à la ligne (ou <CR>) et le tabs sont consiérés comme des séparateurs.

Le ficher doit débuter par les 2 lignes suivantes :
MeshVersionFormatted 1
Dimension 3
NB: la dimension peut aussi être égal a 2.

Il faut ensuite définir les champs correspondant à la géométrie : les sommets du maillage ainsi que ces éléments (triangles, quadrilatères, tétraèdres, hexaèdres...). Ces entités se définissent de la manière suivante :
NB: Les numéros des entités commencent à $1$ (et non $0$ comme dans certains langagues)


Vertices
$np$
$x_1 y_1 z_1 ref_1$
...
$x_{np} y_{np} z_{np} ref_{np}$
avec $np$ le nombre de noeuds du maillage, $x_i y_i z_i$ les coordonnées du point $i$ et $ref_i$ sa référence.
NB: En dimension 2, on définit uniquement $x_i y_i ref_i$


Triangles
$nt$
$v^1_1 v^2_1 v^3_1 ref_1$
...
$v^1_{nt} v^2_{nt} v^3_{nt} ref_{nt}$
avec $nt$ le nombre de triangles du maillage, $v^j_i$ le numéro du sommet $j$ du triangle $i$ et $ref_i$ sa référence.
NB: Chaque référence correspond à une couleur dans Medit


Quadrilaterals
$nq$
$v^1_1 v^2_1 v^3_1 v^4_1 ref_1$
...
$v^1_{nq} v^2_{nq} v^3_{nq} v^4_{nq} ref_{nq}$
avec $nq$ le nombre de quadrangles du maillage, $v^j_i$ le numéro du sommet $j$ du quadrangle $i$ et $ref_i$ sa référence.
NB: Chaque référence correspond à une couleur dans Medit


Tetrahedra
$ntet$
$v^1_1 v^2_1 v^3_1 v^4_1 ref_1$
...
$v^1_{ntet} v^2_{ntet} v^3_{ntet} v^4_{ntet} ref_{ntet}$
avec $ntet$ le nombre de tétraèdres du maillage, $v^j_i$ le numéro du sommet $j$ du tétraèdre $i$ et $ref_i$ sa référence.
NB: Chaque référence correspond à une couleur dans Medit


Hexaedra
$nh$
$v^1_1 v^2_1 v^3_1 v^4_1 v^5_1 v^6_1 v^7_1 v^8_1 ref_1$
...
$v^1_{nh} v^2_{nh} v^3_{nh} v^4_{nh} v^5_{nh} v^6_{nh} v^7_{nh} v^8_{nh} ref_{nh}$
avec $nh$ le nombre d'hexaèdres du maillage, $v^j_i$ le numéro du sommet $j$ du hexahèdre $i$ et $ref_i$ sa référence.
NB: Chaque référence correspond à une couleur dans Medit


Edges
$ne$
$e^1_1 e^2_1 ref_1$
...
$e^1_{ne} e^2_{ne} ref_{ne}$
avec $ne$ le nombre d'arêtes du maillage, $e^1_i e^2_i$ le numéro des deux sommets qui composent l'arête $i$ et $ref_i$ sa référence.

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Il est ensuite possible de définir les singularités du maillage et ses entités contraintes.
Les "coins" (corners) correspondent à un point de discontinuité $C^0$ et par analogie, on peut définir des "ridges" comme des arêtes qui ont une discontinuité $C^0$ entre leur deux faces adjacentes. Les entités contraintes (RequiredVertices ou RequiredEdges ) correspondent à des entités que l'on souhaite préserver dans le cas d'un remaillage. Les champs seront definis comme suit :


Corners
$nc$
$v_1$
...
$v_{nc}$
avec $nc$ le nombre de corners et $v_i$ un numéro de sommet.


RequiredVertices
$nrv$
$v_1$
...
$v_{nrv}$
avec $nrv$ le nombre de points contraints et $v_i$ un numéro de sommet.


Ridges
$nr$
$e_1$
...
$e_{nr}$
avec $nr$ le nombre de "rigde" et $e_i$ un numéro d'arête.


RequiredEdges
$nre$
$e_1$
...
$e_{nre}$
avec $nre$ le nombre d'arêtes contraintes et $e_i$ un numéro d'arête.

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Puis le fichier peut contenir des informations sur les normales et les tangentes à la surface. Les normales et les tangentes sont données comme une liste de vecteurs. Les normales aux points ( NormalAtVertices sont spécifiées en utilisant un numéro de sommets et un index correspondant à une vecteur normal. Les normales aux triangles, (NormalAtTriangleVertices) correspondent à un numéro de triangle, un index de point dans le triangle et un index de vecteur normal à ce point. On a de même le champ (NormalAtQuadrilateralVertices). Ci-dessus la définition de ces différents champs :


Normals
$nn$
$x_1 y_1 z_1$
...
$x_{nn} y_{nn} z_{nn}$
avec $nn$ le nombre de normales et $x_i y_i z_i$ les composantes de la normale $i$


Tangents
$nnt$
$x_1 y_1 z_1$
...
$x_{nnt} y_{nnt} z_{nnt}$
avec $nnt$ le nombre de tangentes et $x_i y_i z_i$ les composantes de la tangente $i$


NormalAtVertices
$nv$
$v_1 n_1$
...
$v_{nv} n_{nv}$
avec $nv$ le nombre de normales aux sommets et $v_i$ le numero du sommet et $n_i$ le numéro de la normale en ce sommet.


NormalAtTriangleVertices
$ntv$
$t_1 v_1 n_1$
...
$t_{ntv} v_{ntv} n_{ntv}$
avec $ntv$ le nombre de normales aux sommets des triangles, $t_i$ le numéro du triangle, $v_i$ le numero du sommet dans le triangle $t_i$ et $n_i$ le numéro de la normale en ce sommet.


NormalAtQuadrilateralsVertices
$nqv$
$q_1 v_1 n_1$
...
$q_{nqv} v_{nqv} n_{nqv}$
avec $nqv$ le nombre de normales aux sommets des quadrilatères, $q_i$ le numéro du quadrilatère, $v_i$ le numero du sommet dans ce quadrangle $q_i$ et $n_i$ le numéro de la normale en ce sommet.


NormalAtEdges
$nte$
$e_1 v_1 n_1$
...
$e_{nte} v_{nte} n_{nte}$
avec $nte$ le nombre de normales aux sommets des arêtes, $e_i$ le numéro de l'arête, $v_i$ le numero du sommet de l'arête $e_i$ et $n_i$ le numéro de la normale en ce sommet.

Le fichier doit se terminer par le mot clé End.

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2.1.2 Format de solution

Pour visualiser une solution, vous devez avoir un fichier toto.bb associé à votre maillage toto.mesh. Ce fichier est composé comme suit :
$dim$ $nbmet$ $nbval$ $type$
$v$ où $dim$ correspond à la dimension ($2$ ou $3$), $nbmet$ au nombre de champ associés, $nbval$ au nombre d'information et $type$ indique si la solution est associée aux noeuds du maillage ($type=2$ $nbval=np$) ou aux triangles ($type=1$ $nbval=nt$). Pour avoir des informations sur la visualisation d'une solution reportez-vous à 4.2.
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2.2 Lancer Medit

On suppose ici que vous disposez d'un maillage (par exemple : toto.mesh) que vous souhaitez visualiser. Pour lancer Medit , il suffit de taper medit toto (ou bien medit toto.mesh) dans une fenêtre terminal. Une fenêtre contenant le maillage va s'ouvrir.

Attention : si vous ne précisez pas l'extension ( .mesh(b) ) de votre fichier, Medit cherche d'abord un fichier binaire puis s'il n'en trouve pas il ouvre le fichier ASCII. Autrement dit si vous avez dans le même répertoire les fichiers toto.mesh et toto.meshb et que vous tapez medit toto, vous visualiserez le fichier toto.meshb.

Les options en ligne de commande :

• medit -h : résumé des commandes
• medit -a : pour lancer une animation, voir 8
• medit -d : mode debug, permet d'avoir plus d'infos
• medit -fs : mode fullscreen, pour avoir l'image en plein ecran
• medit -i : imprime les informations sur la configuration OpenGL

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3 Navigation (bouger l'image)

3.1 avec la souris

• bouton gauche : permet de tourner l'objet
• bouton du milieu : permet de translater l'objet
• bouton droit : fait apparaitre un menu

3.2 avec le clavier

• les flèches permettent de translater l'objet
• pour zoomer : "z" et pour dézoomer "Z"
• pour zoomer très doucement : "+" et pour dézoomer lentement "-"
• "a" permet d'animer l'objet par une rotation (rappuyer sur "a" pour l'arrêter)

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3.3 mode stereo

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4 Visualiser une solution

4.1 format de fichier

Il est possible de visualiser une solution sur un maillage avec Medit . Pour le format des fichiers solution reportez-vous à 2.1.2
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4.2 la visualisation

Pour visualiser une solution avec Medit , vous devez avoir un fichier solution (.bb) 2.1.2 et un fichier maillage associé 2.1.1. (par exemple toto.bb et toto.mesh). Lorsque que tapez medit toto, Medit lira les deux fichiers. En cliquant sur le bouton droit de votre souris vous faites apparaître un menu dans lequel vous trouvez un item DATA qui vous permet de tracer : (le symbole entre parenthèse correspond au raccourcis clavier)

• La solution (m) (Toggle metric): la solution apparait sur le maillage ainsi qu'une palette correspondant aux valeurs de la solution
• La palette (p) (Toggle palette): fait apparaitre ou disparaitre la palette
• Les isolignes de la solution (o) (Toggle isolines)
• Les isosurfaces : en 3d dans le cas d'une solution scalaire
• Les vecteurs solution (w) : si la solution est vectorielle
• Des lignes de courants (v) (Toggle streamlines) : toujours dans le cas vectoriel
  Pour tracer une ligne de courant il faut avoir sélectionner un point (shift + clic du milieu)
  Pour effacer toutes les lignes de courant (Flush streamlines)
  En 2d, il est possible de tracer les points critiques (critical points)

Il est possible de régler la palette (se reporter à 10)
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5 Plan de coupe

On suppose ici l'existence d'un maillage 3d. Dans le menu qui apparaît en cliquant sur le bouton droit de votre souris, il y a une rubrique Clipping : (le symbole entre parenthèse correspond au raccourcis clavier)

• Toggle clip (F1) : active le plan de coupe
  Par défaut, celui-ci est le plan d'équation $x=x_G$ avec $x_G$ l'abcisse du barycentre du maillage.
  L'équation du plan de coupe est écrite dans le bas de la fenêtre.
• Edit clip (F2) : permet de bouger ce plan
  Avec le bouton gauche de la souris le plan tourne
  Avec le bouton du milieu le plan de deplace parallèlement à son axe.
• Freeze clip (F3) : permet de bouger l'objet autour du plan de coupe
• Inverse orient : inverse l'orientation du plan
• Toggle capping : fait un plan de coupe plat
• Toggle plane : enlève la "trace" du plan de coupe
• Toggle VClip (F4) : masque les tétraèdres

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6 Commandes

Dans cette section, toutes les commandes du menu qui apparait avec le click droit sont répertoriées et expliquées.

6.1 File

• Load prefs: permet de recharger les préférences (ie le ficher .medit voir 10)
• Save prefs: permet de sauver les préférences, si le fichier que vous visualisez s'appelle toto.mesh(b) un toto.medit sera créé.
• Update mesh: relie le fichier mesh
• Save mesh: sauve le maillage dans un fichier toto.d.mesh
• Harcopy: voir 7

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6.2 Render mode

• Wireframe: montre l'objet en transparence
• Depth lines: montre l'objet en transparence avec les lignes en couleurs
• Hidden lines: inverse de Wireframe
• Shading: montre l'objet en couleur et cache les lignes
• Shading + lines: montre l'objet en couleur avec les lignes

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6.3 Colors, materials

• Toggle backcolor: change la couleur du fond de l'image (noir/blanc)
• Toggle matcolor: affiche les couleurs des matériaux (si le mode Shading est activé)
  Pour obtenir le même résultat avec les raccourcis clavier il faut taper c (l'objet devient bleu) puis e.
• Edit matcolor: édite les propriétés du matériau si une face est sélectionnée
• Reset materials: rend visible tous les matériaux (dans le cas où certains auraient été cachés au préalable.

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6.4 Data

Cette section s'applique à une solution : voir 4.2
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6.5 Items

• Axis: trace les axes
• Bounding box: affiche la boite englobante
• Grid: affiche une grille
• Toggle info: affiche ou désaffiche la palette et les informations du bas de la fenêtre
• Toggle Point num: affiche les numéros des points
• Toggle Face num: affiche les numéros des faces

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6.6 Clipping

Cette section permet d'éditer un plan de coupe et de le modifier : voir 5
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6.7 Features

• Toggle Vshrink: permet d'écarter les éléments
• Increase shrink: accroit l'écartement
• Decrease shrink: diminue l'écartement
• Toggle splitview: affiche 4 vues différentes de l'objet

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6.8 View

Cette section s'applique lorsque qu'on veut visualiser deux maillages : voir 9
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6.9 Animation

Cette section permet de lancer une animation et de sauvegarder des images : voir 8
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7 Sauvegarde d'images

Medit fournit un moyen simple de sauvegarder des vues. Cependant, il faut noter que seul des images bitmap peuvent être exportées (c'est à dire des copies d'écran). Deux formats d'exportation sont possibles :

• format ppm : pour sauver une vue au format ppm (portable pixmap), il faut aller dans le menu (ctrl + clic), dans la catégorie FILE et cliquer sur Hardcopy PPM. Noter que la taille de l'image (en pixels) correspond à la taille de la fenêtre courante, ayant comme conséquence que la taille de l'image exportée ne peut pas dépasser la résolution de l'écran.
  

• format bitmap postscript : Medit offre trois options créer un image postscript bitmap de la fenêtre qu'on visualise : couleur, gris ou noir$\&$blanc. Pour créer une image, il faut aller dans le menu (ctrl + clic), dans la catégorie FILE et cliquer sur Hardcopy EPS.
  Par défaut, la taille du fichier postscript dépend de la taille de la fenêtre graphique. Il est possible de contrôler la taille de l'image postscript (en cm) et sa densité (in dot per inch), pour cela, il faut définir ces données dans le DEFAULT.medit (voir 10).

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8 Animation

Ici nous considérons le cas où une séquence de maillage (ou de solutions sur un maillage) a été calculée et stockée. Medit permet à l'utilisateur de visualiser le résultat de la séquence de maillage très facilement. Le but étant de fixé une vue sur le premier maillage de la séquence puis de visualiser tous les maillages de la séquence successivement.

Pour faire ceci, il faut d'abord que les fichiers de maillage porte un nom de la forme : toto.XXX.mesh (par exemple pour une séquence de 121 maillages, on aura des fichiers allant de toto.001.mesh à toto.121.mesh). Autrement dit le nom des fichiers se décomposent en 3 parties (séparées par des "."): une chaine de caractère commune à tous le fichiers, 3 chiffres désignant le numéros du maillage dans la séquence, et l'extension mesh(b).
Il faut ensuite lancer Medit dans le mode animation : medit toto -a 1 121
La syntaxe de la commande est donc la suivante : vous mettez votre nom de maillage suivis de -a suivis du numéro du premier maillage et du numéro du dernier.
Une fenêtre graphique s'ouvre alors avec votre premier maillage, vous pouvez alors choisir la vue, les couleurs etc etc.. qui s' appliqueront à votre séquence. Il suffit ensuite de cliquer dans le menu(ctrl + clic) dans la catégorie Animation sur Play Sequence pour lancer l'animation.
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9 Visualiser deux maillages simultanément

Si vous voulez comparez deux maillages ou deux solutions, vous pouvez les ouvrir simultanément dans Medit . Pour cela il suffit de taper medit toto.mesh tata.mesh (si toto.mesh et tata.mesh sont les deux maillages concernés). Dans ce cas, deux fenêtres graphiques vont s'ouvrir. Si on veut comparer les deux maillages, il est intéressant de les "lier" entre eux (c'est à dire que lorqu'on bougera l'un, l'autre effectuera les mêmes déplacements). Pour cela, placez-vous dans une des deux fenêtres et dans le menu (ctrl + clic) dans la catégorie view cliquer sur copy (alt + c). Puis placez-vous dans l'autre fenêtre et cliquer sur link (alt + l). A partir de ce moment là quand vous bougerez le premier maillage, le deuxième suivra automatiquement. Pour "délier" le second maillage, il suffit de cliquer un unlink u.

Au lieu de lier les deux vues, vous pouvez simplement copier une vue (copy ou alt + c) et la coller dans une autre fenêtre (paste ou alt + p). Dans ce cas, le deuxième maillage restera indépendent du premier.
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10 Le fichier "DEFAULT.medit"

En plus du menu d'option (qui apparait en faisant ctrl + clic ), il est possible de définir certains paramètres dans un fichier texte. Vous pouvez donc définir un fichier toto.medit associé au maillage toto.mesh que vous souhaitez visualiser. Si vous ne définissez pas ce fichier, Medit cherche dans le répertoire dans lequel se trouve votre maillage un fichier DEFAULT.medit (qu'il lit s'il le trouve).
NB: Toutes les paramètres définis dans ce fichier ont des valeurs pas défaut.

Ce fichier est composé d'un ou plusieurs champs dans la liste qui suit :

• BackgroundColor r g b où r, g et b sont des chiffres entre $0$ et $1$.
  Ceci permet de donner la couleur du fond de l'image (par défaut le fond est noir donc $(r,g,b)=(0,0,0)$. Si vous définissez $(r,g,b)=(1,1,1)$ le fond sera blanc.
  
• LineColor r g b
  Ceci permet de définir la couleur des arêtes du maillage (par défaut $(1,1,1)$ c'est à dire blanc).
  
• SunPosition x y z
  Ceci permet de spécifier la position de la source de lumière (par défaut $(x_{eye},y_{eye},z_{eye})$.
  
• WindowSize w h où w et h sont 2 entiers.
  Ceci permet de déterminer la taille de la fenêtre (w=largeur, h=hauteur) en pixels.
  
• RenderMode str où str un des mots clés suivant : hidden, fill, colorshading, shading
  Ceci spécifie le "rendering mode"
  
• Palette c1 c2 c3 c4 c5 où les $c_i$ sont des nombres réels
  Ceci permet de fixer les valeurs de la palette lors de la visualisation d'une solution sur la maillage. Cette palette sert aussi pour le calcul des isolignes et des isosurfaces.
  
• Postscript em dpi k str
  Ceci sert lors de la création d'une image postscript : em definis la taille de l'image en cm, dpi correspond à la resolution désirée (par défaut $300$ en dot per inch), k est un coefficient utilisé (s'il n'est pas nul) pour ??? et dans la version courante str n'est pas utilisé.
• Time t dt nb
  Ceci permet d'activer la visualisation des particules.
  t désigne le temp final, dt le pas de temps et nb le nombre de particules consécutives.

Dans ce fichier, les lignes de commentaires commencent par le caractère $\char93$, et ne peuvent existées qu'entre la définition de deux champs (voir l'exemple qui suit).
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11 Le mode "terrain"

Le mode "terrain" permet de se déplacer sur un terrain. Pour l'activer, il suffit de taper J
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12 Les raccourcis clavier

• a : permet d'activer (ou de désactiver) le mode animation l'objet, dès lors, tout mouvement de la souris sera considéré comme une direction de rotation.
• b : change la couleur du fond (passe de noir à blanc)
• c : affiche les couleurs
• d : si une face est sélectionnée, permet de la supprimer
• e : affiche les textures associées aux références
• f : active et désactive les faces cachées
• g : affiche les edges (rigdes et corners)
• h : imprime l'aide dans la fenêtre terminal
• i : réinitialise la vue
• j : active le mode terrain (voir 11)
• k : lors de la visualisation d'une solution 2d, permet de l'élever (voir 4.2)
• l : affiche et désaffiche les lignes
• m : affiche et désaffiche la solution associée au maillage
• n :
• o : affiche les iso-lignes de la solution
• p : affiche et désaffiche la palette
• q : quitte l'application
• r : si une face est sélectionnée, masque toutes les faces de la même référence
• s : masque l'item sélectionné
• t :
• u :
• v : si un point ou une triangle est sélectionné, trace une ou plusieurs ligne de courant (voir 4.2)
• w : trace les vecteurs aux points du maillage lors de la visualisation d'un champ vectoriel
• x :
• y :
• z : permet de zoomer

• A : affiche (ou désaffiche) les axes
  en cas de d'affichage des propriétés du matériau, permet de les appliquer
• B : affiche (ou désaffiche) la boîte englobante
• C :
• D :
• E : édite les propriétés du matériau
• F : affiche les numéros des faces
• G : affiche la grille
• H : fait une "hardcopy" (voir 7)
• I :
• J : active le mode terrain (voir 11)
• K : permet de rentrer un coefficient d'élévation
• L : relit les préférences
• M :
• N : affiche les normales si elles existent dans le fichier mesh
• O : inverse l'orientation des normales
• P : affiche et désaffiche le numéro des points
• Q :
• R : démasque les faces cachées
• S :
• T :
• U :
• V : change le centre de la scène
• W : sauve les préférences
• X : ferme la fenêtre (et quitte Medit s'il n'y a qu'une seule fenêtre)
• Y :
• Z : permet de dézoomer

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13 FAQ

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